Varėnos miesto "gimdytoju" tapo Vilnius - Gardinas geležinkelis, nutiestas 1862 metais. Keturi kilometrai į pietus nuo Senosios Varėnos pastatyta geležinkelio stotis tapo naujosios gyvenvietės branduoliu. 1894 metais buvo nutiesta dar viena atšaka į Alytų ir Suvalkus, todėl stotis tapo nemažu geležinkelių mazgu. Augo miestelis, atsirado pramonės įmonių, daugėjo parduotuvių ir užeigų.

    I-ojo Pasaulinio karo metais Varėna labai nukentėjo, Varėnos - Alytaus geležinkelio linija buvo sunaikinta ir jau daugiau neatstatyta. Pagaliau 1920 metais po L.Želigovskio avantiūros Varėnos geležinkelio stotis atskiriama nuo Varėnos miestelio ir visos Lietuvos, nes atiteko Lenkijai. Miestelis tapo valsčiaus centru, bet be jokių augimo perspektyvų. 1939 metų rudenį dalį Vilniaus krašto grąžinus Lietuvai, Varėna tampa … Valkininkų apskrities centru.

    Sovietiniais metais buvo įkurta Varėnos apskritis. Tai įvyko 1946 metais. Ilgai svarstyta, kur įkurdinti apskrities centrą - I Varėnos, ar geležinkelio stoties gyvenvietėje. Nugalėjo geležinkelio teikiami privalumai. Apskrities (o nuo 1950 metų rajono) įstaigos kuriamos geležinkelio stoties gyvenvietėje, kuri pavadinama Varėna II. Pamažu Varėna II darėsi ne tik oficialiuoju, bet ir faktiškuoju centru, nors šeštąjame dešimtmetyje augo lėtai. 1959 metais turėjo tik 2400 gyventojų. 7 ir 8 dešimtmečiuose pastatoma nemaža pramonės įmonių: konservų fabrikas, gelžbetonio, kombinuotųjų pašarų gamyklos, "Merkio" pūkų ir plunksnų fabrikas.